Khu công nghiệp Ninh Thủy được Thủ tướng Chính phủ uỷ quyền cho UBND tỉnh Khánh Hòa quyết định thành lập và chọn chủ đầu tư Khu công nghiệp Ninh Thuỷ theo Văn bản số 133/CP-CN ngày 30/01/2004. UBND tỉnh Khánh Hòa đã ban hành Quyết định số 2627/QĐ-UB ngày 07/10/2004 thành lập Khu công nghiệp Ninh Thuỷ, huyện Ninh Hòa (với quy mô 200ha) và Văn bản số 1088/UB ngày 13/4/2004 và 1594/UB ngày 20/5/2004 thỏa thuận dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh cơ sở hạ tầng Khu công nghiệp Ninh Thuỷ. Chủ đầu tư là Công ty TNHH Hoàn Cầu Nha Trang.